Prema ESPN BR-u, Pepê je imao interne probleme s bivšim trenerom, podvrgnut je disciplinskim mjerama i stavljen na popis igrača za pregovore, što je činilo da se oproštaj čini neizbježnim. Međutim, tijekom predsezone 2025./26., dok je čekao ponude za odlazak, stekao je povjerenje novog trenera i ostao u klubu.

Porto razmatra pregovore o Pepêu u nadolazećim tjednima. On je igrač s tržišnim potencijalom u Brazilu i Saudijskoj Arabiji. Unatoč postizanju šest golova i pružanju četiri asistencije u 45 utakmica, njegova izvedba nije bila na istoj razini kao prethodnih godina. Njegov ugovor ističe sredinom 2027. godine.

Pepê se ponovno pridružio treninzima FC Porta nakon što je prethodno trenirao odvojeno zbog incidenta s Vítorom Brunom. Iako Pepê želi napustiti klub tijekom zimskog prijelaznog roka, FC Porto je obavijestio i njega i njegovog agenta da se transferi neće dogoditi do ljeta. Pepê je bio odsutan s utakmice protiv Gil Vicentea jer se isključio iz sudjelovanja u nedavnim utakmicama. Negirao je optužbe za neprofesionalno ponašanje, pojasnivši da nije igrao videoigre tijekom utakmice, suprotno glasinama. Klub navodno nije dobro prihvatio njegove javne izjave, smatrajući ih nepoštovanjem.