Según ESPN BR, Pepê tuvo problemas internos con el exentrenador, fue objeto de medidas disciplinarias y fue incluido en la lista de jugadores negociables, lo que hacía que una despedida pareciera inminente. Sin embargo, durante la pretemporada 2025/26, mientras esperaba ofertas para irse, se ganó la confianza del nuevo entrenador y se quedó en el club.

El Porto está considerando negociar a Pepê en las próximas semanas. Es un jugador con potencial de mercado en Brasil y Arabia Saudita. A pesar de haber marcado seis goles y proporcionado cuatro asistencias en 45 partidos, su rendimiento no estuvo al mismo nivel que en años anteriores. Su contrato termina a mediados de 2027.

Pepê ha sido reintegrado en las sesiones de entrenamiento del FC Porto después de haber estado entrenando por separado tras un incidente con Vítor Bruno. Aunque Pepê desea salir durante la ventana de transferencias de invierno, el FC Porto le ha informado a él y a su agente que cualquier transferencia no ocurrirá hasta el verano. Pepê estuvo ausente del partido contra Gil Vicente, ya que se había excluido de participar en los juegos recientes. Negó las acusaciones de comportamiento poco profesional, aclarando que no estaba jugando videojuegos durante el partido, contrario a los rumores. Según se informa, el club no tomó bien sus declaraciones públicas, considerándolas irrespetuosas.