Según Sportske novosti, Petar Bočkaj está cerca de salir del Dinamo Zagreb debido al interés del Vukovar '91 y a un posible traslado a Varaždin. El contrato de Bočkaj con el Dinamo es válido hasta enero de 2027. Anteriormente estuvo cedido en el Pafos, pero el club no ejerció la opción de compra. Transfermarkt valora a Bočkaj en 700 mil euros, aunque su valor de mercado alcanzó los 2.5 millones de euros a finales de 2021. A pesar de que el Dinamo lo fichó por 2.7 millones de euros en enero de 2022 como un refuerzo importante tras su destacada actuación en Osijek, le resultó difícil conseguir una posición regular en el equipo, lo que resultó en su cesión al Pafos. A su regreso al Dinamo, no logró asegurarse un lugar bajo varios entrenadores, incluyendo a Sergej Jakirović, Nenad Bjelica, Fabio Cannavaro y Sandro Perković. A lo largo de su carrera en la SHNL, ha marcado 22 goles y proporcionado 43 asistencias en 216 apariciones, siendo su último partido para el Dinamo una derrota ante el Lokomotiva el 14 de diciembre de 2024.