Entre cinco y seis clubes de la Premier League, incluido el Hull City, estaban interesados en Mikel Amondarain, pero el jugador personalmente abogó por un traspaso al Bologna. El traspaso desde Estudiantes se cerró por una cantidad de diez millones de euros, con dos millones adicionales en bonificaciones, y el acuerdo incluye una cláusula del 10 % sobre una futura reventa para el club argentino. Amondarain está listo para firmar un contrato de cinco años y disputó 15 partidos durante la temporada 2025/2026 de la liga doméstica, en la que marcó 2 goles y dio 1 asistencia.